Die häufigste Pilzkrankheit bei Quittenbäumen ist die Quittenblattbräune. Sie  bildet sich vor allem auf den Blättern sowie in Form kleiner Punkte auf den Früchten. Bei der Verwertung kann man die Quitte schälen und dann trotzdem verarbeiten. Das bräunliche Fruchtfleisch entsteht, wenn die Früchte zu lange am Baum hängen oder nach der Ernte liegen bleiben. Deshalb sollte man den Reifeprozess gut beobachten und die reifen Früchte so früh wie möglich ernten.